L’Herbier National des Comores (HKM) est mis en place le 20 Mai 2010 dans le cadre du projet Sud Expert Plantes SEP 217/IRD coordonné par Mme Andilyat Mohamed à partir d’un Fond du Ministère Français des Affaires Étrangères de 2008 à 2010 à l’Université des Comores.

 L’herbier compte 6055 spécimens, soit  plus de 1500 espèces saisies dans sa base de données en cours d’actualisation sur le logiciel Brahms. Il est inscrit au réseau International des Herbiers à new York depuis 2014, et fait partie du réseau régional des herbiers du sud-ouest de l’Océan Indien crée et appuyé par le fond Européen de la commission de l’Océan Indien. À partir de cette année 2015 le HKM est devenu le 1er Département de recherche de la Faculté des Sciences et Techniques de l’Université Des Comores. L’herbier gère 3 laboratoires, un laboratoire d’écologie végétale (conservation in situ et ex situ des spécimens); un laboratoire de physiologie (Biotechnologie végétale et ses applications) et un laboratoire de géomatique (Suivi spatial des ressources naturelles pour la comptabilité environnementale bleue et verte). L’herbier héberge aussi le portail GBIF Comores.

Les plus anciens spécimens conservés à l’Herbier datent de 1950. Ils viennent de l’Herbier de TEF (FOFIFA) d’Antananarivo (Madagascar). L’Herbier  renferme une collection de Xylothèque, cartothèques, et les parts de spécimens. L’installation d’une gainerie : Banque de gêne est en étude.